W latach osiemdziesiątych ubiegłego wieku plan przestrzenny zagospodarowania miasta Wągrowca przewidywał budowę nowego osiedla mieszkaniowego po stronie wschodniej miasta na około dziesięć tysięcy mieszkańców. Rozpoczęto budowę Osiedla pod nazwą 40-lecia PRL-u. Zrodziła się naturalna potrzeba powstania w tym miejscu nowej parafii. Z woli Ks. Prymasa, Józefa Kardynała Glempa z dniem 27 czerwca 1989 roku powołany został nowy ośrodek duszpasterski jako Parafia pw. Bł. Michała Kozala, Biskupa i Męczennika.

Nowa Parafia objęła teren w skrzyżowaniu rzek Wełny i Nielby po stronie wschodniej miasta oraz Nową Wieś. Zadanie tworzenia nowej parafii od strony materialnej i duchowej otrzymał Ksiądz Stefan Kałmucki, dotychczasowy wikariusz parafii Farnej w Wągrowcu. Dzięki jego wytężonym staraniom i pomocy mieszkańców powstała tymczasowa kaplica, którą poświęcił Ksiądz Biskup Bogdan Wojtuś dnia 06 grudnia 1989 roku. Od tego czasu parafianie mieli swój kościół, który zwali „Michałówką”. Po czasie dobudowano dwie salki na potrzeby duszpasterskie katechezy przy parafii i spotkania powstających grup duszpasterstwa dzieci, młodzieży i dorosłych.

Dopiero w 1996 roku Parafia otrzymała akt własności na działkę budowlaną dla istniejącej kaplicy i plebanii, a także pod budowę nowego kościoła. Nowy impuls w życiu parafii nadał Ks. Abp Henryk Muszyński dokonując zmiany dotychczasowego Proboszcza, który od 28 czerwca 2000 roku objął parafię w Lisewie Kościelnym. Nowy Proboszcz, Ksiądz Witold Chmielewski przybył z Szaradowa, dekanat Szubin z zadaniem budowy nowej świątyni.

W roku 2001 architekci, Karolina i Tomasz Jeżewscy z Poznania przygotowali projekt, a wiosną roku następnego rozpoczęła się budowa. Nowy kościół wznoszony był systemem gospodarczym, pod fachowym nadzorem budowlanym, ale siłami licznie przychodzących do pracy każdego dnia parafian.

W październiku 2005 roku J.E. Ksiądz Arcybiskup Henryk Muszyński poświęcił i wmurował kamień węgielny, który został wyjęty z podziemia gnieźnieńskiej katedry, z okolicy grobu Świętego Wojciecha. Przez kolejnych sześć lat budowano kościół by w Święta Bożego Narodzenia 2011 roku podczas Pasterki Ksiądz Abp Józef Kowalczyk uroczyście otworzył kościół dla wiernych poświęcając nowe tabernaculum.

Kolejne trzy lata zajęło zbudowanie domu socjalno-mieszkalnego, który łączy dom parafialny i mieszkania dla duszpasterzy. Oficjalnie otworzył ten dom i poświęcił Ksiądz Bp Krzysztof Wętkowski dnia 14 czerwca 2015 roku. W nowym domu parafialnym gromadzą się grupy duszpasterskie dzieci, młodzieży i dorosłych. Z okazji 30-lecie parafii w 27 czerwca 2019 r. Mszy Świętej przewodniczył ks. Abp Wojciech Polak Prymas Polski.